Binokulárny mikroskop je prístroj vybavený dvoma okulármi, čo umožňuje pozorovateľovi sledovať preparát oboma očami naraz. Toto usporiadanie zaisťuje pohodlnejšie a menej namáhavé pozorovanie, najmä pri dlhšej práci, pretože odpadá nutnosť privierať jedno oko ako pri monokulárnych mikroskopoch s jediným okulárom. Existujú dva základné typy binokulárnych hlavíc. Pri jednoduchších modeloch je obraz z jedného objektívu iba opticky rozdelený do oboch okulárov, čo pozorovateľovi poskytuje plochý, dvojrozmerný obraz. Druhým typom je takzvaný stereoskopický mikroskop, ktorý používa dva samostatné optické systémy, každý pre jedno oko. Tieto systémy snímajú objekt pod mierne odlišnými uhlami, čím vzniká trojrozmerný, teda 3D obraz s vnemom hĺbky. Táto vlastnosť je kľúčová pre činnosti vyžadujúce presnú manipuláciu s pozorovaným objektom, napríklad v biológii pri preparácii, v hodinárstve, elektronike alebo pri kontrole povrchu materiálov. Označenie „binokulárny“ teda primárne popisuje konštrukciu s dvoma okulármi pre komfortné sledovanie.